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功徳堂は本殿の龍側に位置し、三階建ての現代建築となっています。三階の金龍庁は後に建てられたものです。二階は休憩場所として菊寿閣を設け、入口の両側には緑釉の花模様のタイルを飾り、壁面と天井には彩色画を施して、「堆花」と呼ばれるコンクリートの工芸作品が仏教の物語を紡いでいます。一階は功徳堂の主体で、中央に地蔵王菩薩と關渡宮の功労者の位牌が祀られています。
關渡宮は他の信仰中心地とは異なり、祭祀空間にいつでも信徒が参拝できるほか、開山から現在に至るまで、關渡宮に対して貢献のある者に関しては功徳堂に位牌が祀られています。現在、祀られている者には開山の臨濟正宗石興僧、關渡宮再建発起人の陳紅英、初代の黄定董事長と陳有福董事長ならびに歴代功労者が見られます。