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功德堂位於正殿的龍邊，為一棟三層樓高的現代建築，第三層是加蓋的金龍廳，第二層則為休憩的涼亭菊壽閣，其入口的兩旁飾以綠釉花磚的點綴，牆面及天花上各施有彩繪，並作有兩鋪以水泥堆花的佛傳故事。至於第一層樓，即是功德堂的主體，中間供奉地藏王菩薩，以及關渡宮先賢的牌位。
關渡宮有別於其他信仰中心之獨特處，乃是除了提供祀神空間讓信眾隨時可以禮佛、祀神之外，對於開山建廟至今，凡是對於宮內有所貢獻者，另闢功德堂空間並立牌位祭祀；目前內供奉有開山臨濟正宗石興僧、本宮重建發起人陳紅英、首屆董事長黃定以及陳有福董事長及歷屆各先賢們的神位。