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延平郡王三將軍殿主祀延平郡王鄭成功，以及配祀三將軍。鄭成功是南明抗清的名將，乳名福松、原名森、字明儼，號大木，明熹宗天啟4年（1624）7月14日生於日本肥前平戶（今長崎縣松浦郡）千里濱，明永曆16年（1662）5月8日時病逝於臺南府，得年三十九歲。鄭成功的祖籍是在福建省泉州府南安縣石井鄉，父親為鄭芝龍、母親翁氏（日本作田川氏），為日本平戶侯之家臣田川某之女。福松七歲始自日本返歸中國，居福建南安縣安平鎮，鄭芝龍將其改名為森。二十歲赴福建省鄉試後，入南京太學讀書，並師事錢謙益執弟子之禮，謙益偉其器，因孟子有云：「為巨室則必使師求大木。」故謙益為森、取號大木。
明永曆皇帝於永曆8年（清順治12年、1654）8月，敕封鄭成功為延平王，鄭成功謙辭不受。隔年（1655）4月，永曆再次下詔並齎延平王冊印至廈門，鄭成功乃不再推辭受封為延平王。鄭成功收復臺灣之後，僅經過不到十四個月，便於三十九歲英年早逝。其在臺時間雖短，卻立下諸多功績，驅逐荷蘭人，帶領大批漢人在臺灣開拓疆土，足為臺灣史上的英雄，民間感念鄭成功，故尊之為「開臺聖王」，並於其死後立廟奉祀。
陪祀延平王的三將軍，史籍所記與民間所傳有所不同。據《臺灣通史》所記，陪祀的三將軍為明鄭部將，分別是劉國軒、何祐知、李三將軍，而在《臺北廳誌》中，指的又是劉國軒、何賓(斌)、石將軍，僅劉國軒一位與《臺灣通史》所記相同。此外，關渡區域的居民所傳之三將軍，與上述兩部史書所言又不相同，謂之三將軍為鄭太子、甘輝以及萬禮。