觀音佛祖殿是位於關渡宮正殿的左脇脅(右側),主要是供奉觀音佛祖。在《天妃顯聖錄》之<天妃降誕本傳>中,記述著媽祖降誕的宗教因緣,謂有:「二人陰行善、樂施濟,敬祀觀音大士。父年四旬餘,每念一子單弱,朝夕焚香祝天,願得哲胤為宗支慶。歲己未夏六月望日,齋戒慶讃大士,當空禱拜曰:『某夫婦兢兢自持,修德好施,非敢有妄求,惟冀上天鑒茲至誠,早錫佳兒以光宗祧。』是夜,王氏夢大士告之曰:『爾家世敦善行,上帝式佑。』乃出丸藥示之云:『服此,當得慈濟之貺。』既寤,歆歆然如有所感,遂娠。二人私喜曰:『天必錫我賢嗣矣。』」
由此將媽祖與觀音結合為一,謂媽祖是觀音化身。觀音信仰是湄洲嶼上林村林姓族的傳統信仰,在媽祖家鄉,媽祖與觀音信仰的關係已存在不知多少年,至遲在明洪武年間湄洲嶼已有奉祀觀音的觀音堂,將媽祖與觀音的信仰結合在一起,而後世媽祖廟亦奉祀有觀音菩薩。觀音菩薩是大乘佛教裡的大菩薩,其梵文名為「Avalokitesvara」,音譯為「阿縛盧枳帝濕伐邏」,字義說的是「由高處向下觀之君主」或「探視下界之神」,月氏大僧竺法護將此名譯為「光世音」,鳩摩羅什的舊譯為「觀世音」,而玄奘則新譯為「觀自在」。
據傳在唐朝時,爲避諱太宗李世民之名,略去「世」字,而簡稱「觀音」,其實早在西元2世紀的《成具光明定意經》中,「觀音」之名即曾出現,只是當時未受人們太多注意,到了往後的《悲華經》、《華嚴經》、《觀世音菩薩授記經》等漢譯經典,才同時使用「觀世音」與「觀音」這兩個名字。此外,浙江舟山群島的普陀山為觀世音的道場,因地處浙江東南海濱,是以信眾又習慣稱觀世音為「南海觀世音」。