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「關渡」是由凱達格蘭族語「Kantou」而來，西班牙文獻中則記為「Casidor」；另因發音語系不同，故產生多整別稱，常見有「甘答」、「干豆」、「干荳」、「肩脰」、「墘竇」和「官渡」等，基本上是由平埔族語所音譯而來。直到乾隆25年（1760）續修《臺灣府誌》時，始出現「關渡」；日治時代一度改稱為「江頭」，但是光復後又恢復成「關渡」，並沿用至今。
據《諸羅縣志》所記，關渡宮創於康熙51年（1712），謂：「天妃廟：一在外九莊笨港街。三十九年，居民合建。一在鹹水港街。五十五年，居民合建。一在淡水干豆門。五十一年，通事賴科鳩眾建。」關渡宮是臺南以北歷史僅次於北港朝天宮的媽祖廟，信徒遂有「南有北港媽，北有干豆媽」的諺語流傳。鳩眾建廟的賴科是當時主管北臺灣「大雞籠社」（基隆及北臺灣沿海地區）原住民的通事，他的職權是代表政府向原住民收取餉稅及指揮原住民從事勞役，故得以調度原住民從事關渡宮的創建工程。天妃廟初創落成，《諸羅縣志》記載其熱鬧情形說：「靈山廟：在淡水干豆門，前臨巨港，合峰仔峙、擺接東西二流與海潮匯，波瀾甚壯。康熙五十一年建廟，以祀天妃，落成之日，諸番並集。忽有巨魚數千隨潮而至，如拜禮然。須臾，乘潮復出於海，人皆稱異。」囿於物資有限與社會環境，僅以茅草做為屋頂、因陋就簡地籌建完成。
康熙51年是關渡宮建廟之年，是洋盜鄭盡心在淡水外海窺伺之時，關渡宮位居進出臺北盆地要津，是當地住民信仰重鎮，主管官署諸羅縣更加重視其資訊蒐集功能，積極改善其硬體設施。康熙54年（1715），也就是草創後第三年，即被重新改建成木構瓦頂的新建築。縣令周鍾瑄不僅從嘉義跋涉數百公里，前來臺北為重建的天妃廟題名「靈山」，還將關渡宮後山及臨臺北湖埔地數十甲，授予住持僧綿遠來招佃開墾收租，讓關渡宮得以永續經營下去。