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藥師佛殿殿供奉藥師琉璃佛。藥師琉璃佛全名為藥師琉璃光王如來，通稱為藥師琉璃光如來，簡稱「藥師如來」或「藥師佛」。他是東方淨土琉璃世界之教主，行菩薩道的時候，發十二誓願，救眾生病源，治無名痼疾，消除諸難，令人康樂。以琉璃為名，乃取譬琉璃之光明透徹以喩國土清靜無染污。
東方淨琉璃世界的藥師佛與娑婆世界的釋迦牟尼佛、西方極樂世界的阿彌陀佛為「橫三世佛」，亦稱三寶佛。在佛教內，藥師佛與阿彌陀佛同被視為解決眾生生死問題的兩大並行法門。藥師佛法門除同樣鼓勵命終往生淨土外，因其於行菩薩道的時候，發十二誓願救眾生病源，故其法門亦著重蒙藥師佛願力加持，以求現生即得利益安樂，增福延壽，消災免難，以免修行多所障礙。
佛家經典有謂「藥師三尊」(東方琉璃世界三聖)，中為藥師如來，左右脇侍各為日光遍照菩薩、月光遍照菩薩，居無量無數菩薩之上首，協助世尊，護持正法，教化眾生。日光遍照菩薩又稱「威德金剛」，掌中持日輪，坐於赤蓮；月光遍照菩薩又稱「月光王」，左手持青蓮，上有半月形。
藥師佛的形象甚多，《藥師如來唸誦儀軌》中有云：「如來左手令執藥器，亦名無價珠，右手另作結三界印，一著架裟結跏趺坐，令安蓮華臺。」藥師佛像多以琉璃藍為其膚色，而關渡宮的藥師佛像則為金身。佛像身披三法衣，具足法身佛之相好光明，右手結三界印持連枝帶葉的藥訶子（梵音：訶梨勒，意為藥王），左手托缽，缽內盛滿能治眾生因果所生諸病之妙藥與甘露，以金剛跏趺坐於蓮花月輪上。