關渡宮にお参りする際は、「入龍喉、出虎口」(龍の喉から入り、虎の口から出る)と言われる伝統的な参拝路線に従う必要があります。龍・虎の方角は古代より「左青龍、右白虎」に言い表される方位を示し、ここでは神仏の左右に基づいて決められています。つまり、關渡宮の三川殿に入る際は必ず龍門(媽祖の左手、向かって右側)から入り、帰る際は虎門(媽祖の右手、向かって左側)から出るようにします。
關渡宮に祀られている神仏はかなりの数に上りますが、正殿に祀られている主神は天上聖母媽祖で、伝統に倣って媽祖の左側(向かって右側)には観音仏祖が祀られ、反対に媽祖の右側(向かって左側)には文昌帝君を祀り、功名を求める者たちを見守っています。關渡宮にお参りする際は窓口で線香を受け取り、以下の順序で参拝します。
1.天公壇:三川殿前
2.媽祖殿:正殿の主神天上聖母―媽祖
3.観音仏祖殿:正殿右側(媽祖左手)の観音仏祖
4.文昌帝君殿:正殿左側(媽祖右手)の文昌帝君
以上の路線を経て香炉に線香を立てると、主な参拝の流れは完了します。この後は凌霄宝殿に足を伸ばし、玉皇上帝・三官大帝・東華帝君・瑤池金母にお参りすることもできます。ただし、参拝の一番目で天公炉に参拝しているため、玉皇大帝への参拝は完了していると見なされ、凌霄殿に赴く必然性は必ずしもありません。他には、古仏洞や薬師殿・廣渡寺の神仏にも、各殿付近で線香を受け取り、お参りすることができます。