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正殿為關渡宮的最主要祀神空間，除了拜殿十三張方形擺置供品的拜桌，以及中央拜桌下方虎爺，再者僅有的就是信眾們虔誠默拜的身影，以及布局在空間內的裝修與裝飾；主祀神為媽祖，光明燈牆分隔兩邊側殿；媽祖聖殿前整排以櫸木製造的欄杆，完全區隔信眾與神祇之空間界定，和二樓上方的欄杆呈現出整齊劃一的位階鋪陳；「望柱」上以淺浮雕刻上花鳥圖案，上端以「雌雄獅座」作為裝飾。「欄板」上布滿歷史故事雕作，中間狹長處有夔龍纹飾，也有象徵文人生活品味的四藝─琴、棋、書、畫。
在媽祖殿的兩旁有戰後初期的龍柱，還有已逾一甲子的石雕─祈求吉慶，媽祖像坐鎮於正殿的正中央，紅底安金「關渡宮」匾額高懸於上，是整個大殿空間氛圍最為莊嚴、也是最為溫馨的地方。齊上螺旋式的彩繪藻井，搭配層層的斗栱，以及呼應雙著龍雙頂的「翌天昭佑」匾額，置於鎮殿媽祖的神龕之上。另外在神龕的上方，立有福、祿、壽等三星高照，以及雙鳳枝頭戲牡丹的精巧之作。此外，大殿之內的兩舖員光，以及媽祖聖像前的花罩、神龕等，都是重要民族藝術藝師黃龜理的作品。
