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藥師佛祖殿位於凌霄寶殿龍邊、廣渡寺的上方，殿內供奉藥師琉璃佛，是一尊巨大金色身相的莊嚴佛像。神龕上方的匾額「大慈大悲」，為歲次辛亥年夏月（1971），由關渡宮第一屆董監事一同敬獻。進入藥師佛祖殿之後，會被層層的光明燈牆索震攝，並可感受到佛光普照的莊嚴氣氛。
除此之外，整體寬敞狹長的空間，帶給人幽靜的舒服快活，地面上一朵朵盛開的蓮花，反光的照映在每一位行經的信眾，一顆顆暖黃色燈光，像似藍天中聖光的太陽，再加上列隊歡迎的十八羅漢，每一位尊的表情，彷彿在向前來的信眾打招呼。
另外在殿內還有供奉長生祿位的牌位，專為受人恩惠無以回報或為了孝順父母、為自己添福壽等；信眾可在這一殿內立一長生祿位，早晚有專人燒香念佛迴向，以達到感恩報答對方恩德、或是添福、添壽之祈福目的。