回顧關渡宮設置事蹟,各個時期都留下了不同的典故,在此略舉一二。首先就關渡宮本身的說法:俗姓魏姓之石興和尚,自福建湄洲祖廟奉請一尊媽祖來臺闢荒,行經關渡門時,適逢豪雨,基隆河、淡水河兩洪流宣洩而至,不得前進,石興和尚虔誠祝禱擲筊請示,媽祖欲駐留關渡,遂以茅草屋建立廟宇。另臺灣宗教研究先驅日人增田福太郎認為,距今約兩百年前,湄洲船員蔡其載大媽一尊渡航至北臺灣,寄港在關渡,後因不慎觸礁致使船體毀損,故將神像暫時安放在大石頭上,後移奉時卻無法移動,於是擲筊請示神意,結果媽祖指示要留在此地,當地的林姓人士遂協議建廟。設置事蹟相當多,但大抵不脫海上信仰建廟的關聯,關渡宮的立廟神蹟,正是這許多傳說交織累積而成的文化表現。
關渡宮的媽祖神像以大媽、二媽最為靈驗。神像的出現各有傳說,據廟方所述大媽是由關渡宮住持「石興」和尚,自湄洲祖廟天后宮迎請媽祖金身來臺奉祀。至於二媽傳說則是因船遇海難,神像漂流至唭哩岸,當地農夫發現後,將神像供奉於街上慈生宮(主祀五穀先帝)內,之後因為廟宇整修,遂將神像寄祀於關渡宮,直到落成後信徒欲將神像請回,但媽祖卻指示要留在關渡宮「顧海口」,庇護海上航行船隻及漁民作業安全,關渡二媽自此便留在關渡宮。故每年正月十六日,慈生宮會以盛大的獅陣、鑼鼓,前往關渡宮迎接二媽鑾駕回慈生宮娘家,再會同先帝公一同出巡繞境唭哩岸地區,俗稱「二媽回娘家」。然學界則認為此習俗與日據時代平息瘟疫信仰有關,祈求二媽能為人們驅除疾病或蟲害等。
媽祖救難事蹟不僅於此,光緒21年(1895)時,日軍佔領臺灣,初期為了搜捕大稻埕一帶搶劫的匪徒,進入關渡村落挨家挨戶搜查藏匿地點,由於認定關渡宮與關渡街民有反日行為,故大舉焚毀了三十餘戶民家,並火燒媽祖廟,將媽祖神像潑灑煤油焚燒,等到大火熄滅後,信眾發現媽祖神像臉部僅被薰黑而已,金身並沒有損壞,當時居住於關渡對岸蛇仔形的村民聽聞此事,趁月夜之際,橫渡關渡,搶救二尊媽祖金身回村,並將之藏匿於觀音山腳下的石壁腳,待事平以後才將二媽送回關渡宮重新安置。因此有了黑面關渡媽祖、蛇仔形媽祖每年巡境的文化景觀。
二次大戰期間,淡水機場日本橫田部隊的十多架水上飛機,為了尋求掩護,選定關渡宮前中港河旁種了茂密黃槿樹的農田處隱藏飛機。後來美軍得知,執行轟炸任務,當美軍飛機於關渡上空投擲炸彈時,只見一位中國古代女子佇立雲端,以裙擺將轟炸機所投擲的炸彈撥開,使得炸彈落於今關渡自然公園及大度路的附近,事後發現媽祖神像外袍有焦黑痕跡,當地居民都認為是媽祖顯靈,以衣袍撥開炸彈,拯救民眾生命的表現。
幾百年來,隨著人們遷移及活動方式改變,漢人取代番人成為主要的群族,關渡交通由水路逐漸轉變成陸路。然關渡宮留下許多地顯靈軼聞,隨著時間的試煉與昇華,依然是人們重要需求及寄託,故不論是群族、交通等社會的變化,皆難以抹滅關渡宮在人們心中地位,並且隨著時間關渡媽信仰可說越加的穩固、深遠。