淡水河流域有二處明顯的口門,分別為圓山、關渡。後者所在為第二重水口,由於東北、西南向大屯山系岩層(大屯山火山噴發堆疊出的火山體)走勢直伸入淡水河,另一端則是觀音山系的獅子頭山,其介面恰為金山斷層往西南山腳斷層和新莊斷層連接位置,右側盆地水平堆積物則是落於褶曲第三系沉積岩之上(屬第四系沉積層),淡水河穿越斷層岩出海,留下「關渡口門」特殊地景。
關渡宮前有中港河,是由貴仔坑溪、水磨坑溪二支流匯聚而成,為關渡平原主要水源。然早期開墾水利設施不足,故經歷了一段荒埔至水田時期,經過鄉民合作開鑿埤塘,關渡一帶出現了許多灌溉用的大埤塘。直至十九世紀初期,整個關渡平原已有八仙圳、水磨坑圳等圳路,奠定了關渡平原的稻田景觀基礎。
其中位於關渡宮左前方河岸有一座創設於1952年排水門(水閘),當時稱作「關渡排水門」。有此設備是為解決關渡海潮問題,每遇潮水漲浸時,關渡中港溪上游貴子坑溪、水磨坑溪一帶(今一德里、八仙里)約五百餘公頃的稻田便經常發生鹽害,尤其在夏令時節,災後因積水無法順利排出水,導致田中的稻子因浸泡過久,損失嚴重,為解決水患災害,興建一座可以阻隔淡水河漲潮時河水侵入氾濫的水閘門(三連式大排水門)。
爾後,政府為解決台北盆地水患問題,執行了「關渡隘口拓寬」,以及「基隆河截彎取直」二項工程。但拓寬後進而造成大批水田鹽化,徹底改變漢人二、三百年來水田景觀,關渡平原在淡水河、基隆河及潮汐現象的交互作用下,逐漸形成兼具河岸濕地、平原濕地及河口濕地特色的混合型濕地,也促成了豐富而多樣的生物系統。然農民在無法耕作的情形下,陸續出售田地給垃圾傾倒業者,造成了候鳥及生態的大災難,經民眾強烈抗爭後,終於1996年成立了關渡平原自然保留區,亦即今日「關渡自然公園」。
因關渡獨特地隘口地形,不僅展現於水流、地質地景變化上,同時也影響了天候的特徵。由於地形造成風向臨時改變,船隻應變不及,加之河流航道多變,經常發生翻船事件。反之,就風水而言,關渡宮位處大屯山脈的象鼻穴上,風水絕佳,香火鼎盛,綿延數百年而不衰。水口為風水中重要的地景元素,意味財源與官途,一般可分成天門、地戶,天門開且地戶閉,方能聚氣,從而使得財源滾滾、人丁興旺。遷址後的關渡宮臨水而立,坐西北向東南,回望臺北盆地,為眾水朝拱,生氣聚合格局。