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　　因位於三川殿以及正殿之後，又簡稱為「後殿」，是一座現代化樓宇式宮殿。高達六層樓的凌霄寶殿，為所有建築群中最高，因內部所奉祀之神格都是最大。同時這也是戰後廟宇高樓化的表徵，所以在臺基部分，用現代工程基礎施作，並無延續傳統寺廟的階數運算；而在地坪是鋪面磚、花崗岩以及大理石混合使用，帶給地面上的韻律感，走起路來輕鬆又愉悅。

　　整棟以現代材料鋼筋混凝土構造起建，而在主要出入口立面上，以石雕為主做為秀面，刻有許多忠義及孝道故事，陽光斜照於石雕牆上，將冰冷的石材，透過光線的變化，更加凸顯作品的立體感；在屋頂部分，做有重簷再加上假四垂的變體形式，屋頂正脊中央上裝有天官賜福，屋面有橘黃色屋瓦、瓦當和滴水，脊堵、垂脊安有交趾陶，花籃以及如意斗拱都以開模印花方式製作。

　　凌霄寶殿開有五門，分別是中門、左右偏門和左右圓洞門，前步口廊和陽臺合一，因此可從三川殿與正殿間鋼構頂棚兩旁走出，向後走鐘鼓樓樓梯間步行前往，其各樓層的空間安排部分是廟方人員所使用的儲藏室，在第三樓層則安排有太歲殿，並有太歲燈提供信眾點燈。殿內主要供奉有玉皇上帝（即民間所俗稱的天公）、三官大帝（即天官、地官、水官，神格僅次於天公）、東華帝君、瑤池金母、南斗星君、北斗星君、太陽星君及太陰星君，首先會先看到三官大帝坐於中央處，左側為東華帝君，右側是瑤池金母，仰頭望去則是在高挑樓層上坐有玉皇上帝，左側是南斗星君，右側則是北斗星君。

　　在空間的層次上，因為是以中庭式挑高呈現，分為上下兩層，信眾所站立處在地面一層，仰頭望去將被玉皇上帝的容顏所震攝，殿內整體形成了空間尊榮感，宛如到了仙境之中，幽靜的氣場彷彿一切紛擾都已幻滅，只留下一顆誠心接受洗滌，並在跪腳椅上誠心禱告，一切盡在不言中。