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因關渡宮僧人曾參與抗日活動，導致日軍進入後予以報復性的焚毁。但明治30年（光緒23年，1897）地方平靖後不久，鄉民開始重新建立廟宇。據〈北投公學校校長報告〉所載，當年董事林大春及翁源隆協議，以廟財二千元及庄民樂捐四百元籌資修建。關渡宮因有廟產租金的收入，故大部分的經費由廟方負擔，地方人士只需負擔百分之二十，主導此次修建的人是關渡出身的商人林大春。
現存《重修關渡宮碑記》記載林大春為勸緣首事，捐龍銀二百元，再加上其他信徒共計捐龍銀一千二百七十六元，結算後尚缺龍銀八十五元，林大春再捐款補足缺額。當時臺灣媽祖廟已多，雖已有多座廟宇，但關渡媽祖地位在信徒心中仍相當重要，為了凸顯此歷史特性，廟宇落成後便取名為「關渡宮」，且沿用至今。
不過因毀損嚴重，二千餘元的經費仍不足支用，直至明治40年（1907）林大春奉總督府的許可，向臺北、桃園、新竹及宜蘭等地方募捐，得款八千餘元，遂將廟宇的改建擴大規模迄今。至於林大春年事已高，故由魏田英協助完成後續工程。
日治初期日本曹洞宗傳教師佐佐木珍龍，申請將關渡宮納入為分支寺廟，但至明治40年（1905），臺灣總督府為改善臺灣特有一田二主的怪異現象，取消墾戶大租權，讓實際持有土地的小租戶為地主，故政府酌以政府債券作為補償，但債券不能兌換變現，對關渡宮的經營產生很大壓力，爾後曹洞宗可能此因素放棄與關渡宮的上下寺關係，改由地方政府北投庄役場管理，庄長即為關渡宮的法定管理人。
關於關渡宮遭颱風破壞而修繕的記載，可見《臺灣日日新報》大正2年（1913）6月1日（漢文版）：「關渡宮廟宇因遭暴風雨破壞，信徒發起募捐修繕中，近來參拜者每天達五六十名之多。」數年後又遭受暴風雨的破壞，消息被登載於大正12年（1923）與昭和10年（1935）的《臺灣日日新報》，以及被記錄在〈關渡宮重修前殿碑記〉中。